民國四十六年起由民航空運公司以C－46型開始營運。 民國五十五年始興建航站大廈，成立馬公候機室，隸屬於高雄航空站。 民國六十六年八月一日成立馬公航空站（丙種航空站）。 民國八十二年一月十八日改設為乙種航空站。 民國八十年五月十一日接管七美、望安兩離島機場，成立七美、望安輔助站。
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